上世纪末，我国多地掀起了高校兼并潮，从此之后大学入学率开始大幅度增长。
39所985高校里有25所高校都有过合并历史，有的合并了2所高校，有的合并了3所高校，而以西北农林科技大学为代表，合并了7所高校或科研所。
浙大合并无疑是成功的。浙大是由浙江大学，浙江农业大学，浙江医科大学，杭州大学4所大学合并而成，短期内浙大位居第三，仅次于清华北大。遗憾是从此浙江省就只有浙大一所985，省内高校之间差距拉大。
天津对外贸易学院在学科资源上颇具特色，它所开设的专业如国际企业管理、外贸外语等，实务性较强。合并后，南开大学应用型专业增强，更加多元化。2010年，中国旅游管理干部学院整建制划转南开大学工作全面完成，正式挂牌成立南开大学旅游与服务学院。
武汉大学在合并的浪潮中合并了湖北医科大学，另外合并了在各自行业里处于领头羊地位的院校， 武汉水利电力学院是当时中国水利电力行业专业最齐全、规模最大、综合能力最强的大学，合并后的武大在各大榜单稳居前十。可谓是非常成功的合并了。
可谓是实现了强强联合。
位于成都的四川大学是中央直管的副部级高校；拥有985高校与双一流高校的双头衔。现在川大也是2000年通过院校大合并产生的。1994年由原四川大学与原成都科技大学合并成立四川联合大学，2000年的时候与原华西医科大学再次合并成立现在的四川大学。四川大学合并华西医科大学后，实现在医学上尤其是口腔方面的领先。
吉林大学合并的白求恩医科大学是多年的“老牌”名校。吉林大学的车辆工程是中国目前仅有的两所完整的汽车学院之一，另一所是位于清华大学。吉大车辆工程专业是中国汽车制造业的摇篮，也是长春一汽的后备军，目前拥有三所国家重点实验室。
华中科技大学是又一个合并后迅速成长的大学，工科强校，高校合并功不可没。
2000年，西安交通大学与原属卫生部的西安医科大学、原属中国人民银行的陕西财经学院合并，合并后，通过学科和队伍的建设与重组，发挥出新的优势。
中南大学特色是矿业类，合并了湘雅医学院这个医学名校。在先后合并掉了有着“南湘雅”之称的湖南医科大学(湘雅医学院)和长沙铁道学院后实力爆棚，综合实力在全国高校中位居二十多名，而且优势专业也不再仅限于冷门的冶金方面的专业。
除了上面通过兼并的高校之外，还有11所高校是在2000年兼并潮中未进行兼并的，他们分别是中国人民大学、北京理工大学、北京航空航天大学、北京师范大学、南京大学、天津大学、大连理工大学、兰州大学、西北工业大学、华南理工大学和厦门大学，这些学校的实力也是十分强悍的。
小伙伴们，这里有你所在的高校吗？