适读人群 ：分子植物育种填补了基因组学与植物育种之间的鸿沟、是植物育种家的参考手册、也适合用作植物遗传育种及相关专业的本科生和研究生教材和参考资料
1. 从构思到出版历经10年，国际首部植物分子育种领域百科全书式著作。　　2. 农业领域诺贝尔奖获得者布劳格博士、美国科学院院士菲利普斯博士为之作序。　　3. 多家外文期刊发表书评，国际知名大学推荐作为研究生教学参考书，出版三年内重印两次。　　4. 全书15章，每一章在完成前都经过多位国际专业学者的评阅。 分子植物育种是国际上首部有关植物分子育种的百科分子植物育种式综合参考书和教材，分子植物育种共15章，涵盖了植物分子育种的各个方面，包括：DNA标记技术, 遗传图谱的构建,高通量，组学，技术,植物遗传学和作物改良的常用群体,分子工具在植物遗传资源管理、评价和创新中的应用，复杂性状分子剖析的理论和实践，标记辅助育种的理论与应用，基因型*环境互作的分析，基因的分离与功能分析，基因转移和遗传修饰植物，知识产权和植物品种保护， 育种信息学，决策支持工具!每一章都经过同行评阅，包含了大量较新信息，并有表格、数据和参考文献的支持。 徐云碧[美]:国际玉米小麦改良中心（CIMMYT）科学家，中国农业科学院“玉米分子育种技术和应用”团队首席科学家，兼任中国农业科学院－国际玉米小麦改良中心玉米分子育种联合实验室主任。入选国家“千人计划”特聘专家。长期从事植物分子育种研究，致力于探索分子植物育种的理论及其在水稻和玉米中的应用。徐云碧博士在国内外杂志上发表论文 100余篇，累计引用5700余次。 第1章导论1
1.1作物的驯化
1
1.2早期植物育种
3
1.3植物育种史上的主要发展
4
1.3.1育种和杂交
4
1.3.2孟德尔遗传学
5
1.3.3选择5
1.3.4育种类型和多倍性5
1.3.5遗传多样性和种质保护5
1.3.6数量遗传学和基因型^环境互作
5
1.3.7杂种优势和杂交种育种6
1.3.8群体改良
6
1.3.9细胞全能性、组织培养和体细胞无性系变异7
1.3.10遗传工程和基因转移
1.3.11DNA标记和基因组学
7
8
1.3.12公立部门和私营部门的育种工作
8
1.4遗传变异
8
1.4.1交换、遗传漂变和基因流动9
1.4.2突变9
1.5数量性状方差、遗传率和选择指数10
1.5.1质量性状和数量性状
10
1.5.2等位基因频率和基因型频率的概念
11
1.5.3哈迪温伯格平衡(HWE)11
1.5.4群体平均数和方差
12
1.5.5遗传率
12
1.5.6选择响应13
1.5.7选择指数和多性状选择
13
1.5.8配合力
15
1.5.9轮回选择15
1.6绿色革命和将来的挑战16
1.7植物育种的目标17
1.8分子育种19
第2章分子育种工具:标记和图谱22
2.1遗传标记22
2.1.1经典标记23
2.1.2DNA标记
25
2.2分子图谱44
2.2.1染色体理论和连锁
44
2.2.2遗传连锁图谱44
2.2.3遗传图谱的整合
55
第3章分子育种工具:组学与阵列58
3.1组学中的分子技术58
3.1.1双向凝胶电泳58
3.1.2质谱分析60
3.1.3酵母双杂交系统
61
3.1.4基因表达的系列分析
63
3.1.5实时定量PCR
3.1.6抑制性差减杂交
65
65
3.1.7原位杂交66
3.2结构基因组学67
3.2.1基因组结构67
3.2.2物理图谱68
3.2.3基因组测序72
3.2.4cDNA测序77
3.3功能基因组学79
3.3.1转录组学79
3.3.2蛋白质组学81
3.3.3代谢组学85
3.4表型组学88
3.4.1表型在基因组学中的重要性89
3.4.2植物表型组学89
3.5比较基因组学90
3.5.1比较图谱91
3.5.2共线性
92
3.6组学中的阵列技术96
3.6.1阵列的产生97
3.6.2试验设计
3.6.3样品制备
100
101
3.6.4标记101
3.6.5杂交和杂交后洗涤102
3.6.6数据采集和量化
102
3.6.7统计分析和数据挖掘103
3.6.8蛋白质微阵列及其他104
3.6.9通用芯片或微阵列105
3.6.10应用Tng微阵列进行全基因组分析
107
3.6.11以阵列为基础的基因型鉴定107
第4章遗传育种中的群体109
4.1群体的特点和分类
109
4.1.1基于遗传组成的分类109
4.1.2基于遗传维持的分类109
4.1.3基于遗传背景的分类110
4.1.4基于来源的分类
110
4.2双单倍体
112
4.2.1单倍体的产生
113
4.2.2单倍体植株的二倍体化120
4.2.3DH品系的评价120
4.2.4DH系的数量遗传学122
4.2.5DH群体在基因组学中的应用124
4.2.6DH在植物育种中的应用
125
4.2.7局限性和未来的前景127
4.3重组自交系(RIL)127
4.3.1近交及其遗传效应128
4.3.2RIL的培育
130
4.3.3RIL群体中的图距和重组率
131
4.3.4用RIL构建遗传图谱132
4.3.5互交的RIL和巢式RIL群体134
4.4近等基因系(NIL)135
4.4.1回交及其遗传效应135
4.4.2产生NIL的其他方法137
4.4.3渐渗系库
138
4.4.4用NIL进行基因定位的策略
139
4.4.5用NIL作图的理论考虑140
4.4.6NIL在基因定位中的应用
142
4.5不同群体的比较:重组率和选择142
4.5.1不同群体的重组率142
4.5.2群体构建过程中无意识的选择
143
第5章植物遗传资源:管理、评价与创新147
5.1遗传侵蚀和潜在的遗传脆弱性
148
5.1.1遗传侵蚀
148
5.1.2遗传脆弱性
150
5.2种质的概念
150
5.2.1广义的种质概念
150
5.2.2经典的种质
153
5.2.3人工或合成的种质153
5.2.4原位或异位保存
154
5.3收集/获取155
5.3.1种质收集的几个问题156
5.3.2核心种质
157
5.4保存、复壮和繁殖160
5.4.1离体保存技术
161
5.4.2超低温储藏
163
5.4.3合成种子和DNA的储存
163
5.4.4复壮和繁殖
164
5.5资源评价
164
5.5.1标记辅助种质评价165
5.5.2离体评价
167
5.5.3遗传多样性
167
5.5.4收集资源的冗余和缺失174
5.5.5遗传漂移和基因流175
5.5.6特异种质
177
5.5.7等位基因挖掘
178
5.6种质创新
179
5.6.1种质样本的纯化
180
5.6.2种质创新中的组织培养和转化
180
5.6.3种质改良中的基因渐渗181
5.7信息管理
181
5.7.1信息系统
181
5.7.2数据采集的标准化182
5.7.3信息整合与利用
183
5.8前景展望
184
第6章复杂性状的分子剖析:理论
188
6.1基于单标记的方法
190
6.1.1假设190
6.1.2标记平均数的比较192
6.1.3方差分析
6.1.4回归方法
194
195
6.1.5似然方法
195
6.2区间作图
196
6.2.1假设196
6.2.2似然方法
6.3复合区间作图
197
200
6.3.1基础200
6.3.2模型200
6.3.3似然分析
6.3.4假设检验
201
201
6.3.5选择标记作为辅助因子202
6.3.6完备区间作图
203
6.4多区间作图
203
6.4.1多区间作图模型和似然分析
204
6.4.2模型选择
205
6.4.3估计基因型值和QTL效应的方差分量
207
6.5多个群体或杂交组合
208
6.5.1试验设计
208
6.5.2多个杂交组合的QTL分析209
6.5.3合并分析
211
6.6多个QTL
211
6.6.1多个QTL的现实性
6.6.2选择一类QTL模型
211
212
6.6.3多个具有上位性的QTL
213
6.7贝叶斯作图
214
6.7.1贝叶斯作图的优点214
6.7.2贝叶斯作图统计学概述214
6.7.3贝叶斯作图方法
215
6.8连锁不平衡作图
218
6.8.1为什么要进行连锁不平衡作图γ
218
6.8.2连锁不平衡的度量219
6.8.3影响连锁不平衡的因素222
6.8.4连锁不平衡作图的方法224
6.8.5连锁不平衡作图的应用227
6.9元分析229
6.9.1QTL位置的元分析229
6.9.2QTL图谱的元分析
230
6.9.3QTL效应的元分析231
6.9.4元分析的例子231
6.10计算机作图233
6.10.1优点和缺点233
6.10.2混合模型方法233
6.10.3统计功效234
6.11样本容量、功效和阈值
235
6.11.1功效与样本容量
235
6.11.2交叉验证与样本容量
6.11.3QTL位置的置信区间
238
239
6.11.4QTL阈值
240
6.11.5错误发现率242
6.12总结和前景244
第7章复杂性状的分子剖析:实践
245
7.1QTL分离245
7.1.1作图方法
246
7.1.2对等位基因分散的筛选250
7.2复杂性状的QTL
253
7.2.1性状组分
7.2.2相关性状
253
254
7.2.3质量数量性状
255
7.2.4种子性状
256
7.3跨物种的QTL作图
7.4跨遗传背景的QTL
7.4.1同质的遗传背景
7.4.2异质的遗传背景
257
259
259
260
7.4.3上位性262
7.4.4一个基因座上的复等位基因
7.5不同生长和发育阶段的QTL
265
266
7.5.1动态性状
7.5.2动态作图
266
267
7.5.3动态作图的统计方法268
7.6多性状和基因表达
7.6.1基因表达的特点
269
269
7.6.2植物中eQTL的例子271
7.7选择性基因型鉴定和DNA混合分析
273
7.7.1主基因控制的性状273
7.7.2数量性状
274
7.7.3选择性基因型鉴定和DNA混合分析的功效
7.7.4选择性基因型鉴定和DNA混合分析的应用
275
278
第8章标记辅助选择:理论
281
8.1标记辅助选择的组分
8.1.1遗传标记和图谱
282
283
8.1.2标记的表征
284
8.1.3标记-性状关联的验证
285
8.1.4基因型鉴定和高通量基因型鉴定系统287
8.1.5数据管理和传送
8.2标记辅助的基因渐渗
287
288
8.2.1标记辅助的前景选择289
8.2.2标记辅助的背景选择292
8.2.3BC世代中的供体基因组含量296
8.2.4基因渐渗中的连锁累赘298
8.2.5基因组大小对基因渐渗的影响
299
8.2.6携带者染色体上的背景选择
300
8.2.7遗传背景的全基因组选择
301
8.2.8通过重复回交的多基因渐渗
302
8.3标记辅助的基因聚合
303
8.3.1基因聚合方案305

8.3.2杂交和选择策略
309
8.3.3不同性状的基因聚合311
8.3.4标记辅助的轮回选择与基因组选择的比较
312
8.4数量性状的选择
314
8.4.1根据表型值进行选择314
8.4.2根据标记得分进行选择315
8.4.3指数选择
316
8.4.4基因型选择
319
8.4.5综合的标记辅助选择319
8.4.6标记辅助选择的响应320
8.5长期选择
323
8.5.1玉米中的长期选择324
8.5.2水稻中的歧化选择330
第9章标记辅助选择:实践
332
9.1标记辅助选择的选择方案
333
9.1.1不用测交或后裔测定的选择
333
9.1.2独立于环境的选择333
9.1.3不需要繁重的田间工作或密集的实验室工作的选择334
9.1.4育种早期的选择
334
9.1.5对多个基因和多个性状的选择
334
9.1.6全基因组选择
334
9.2标记辅助选择应用中的瓶颈
335
9.2.1有效的标记性状关联
338
9.2.2有成本效益的高通量基因型鉴定系统338
9.2.3表型鉴定和样品追踪339
9.2.4上位性和基因×环境互作
339
9.3降低成本增加规模和效率
340
9.3.1成本效益分析
340
9.3.2基于种子DNA的基因型鉴定和MAS系统342
9.3.3整合多样性分析、遗传作图和MAS
344
9.3.4建立同时改良多个性状的育种策略345
9.4最适合MAS的性状
345
9.4.1需要测交或后裔测定的性状
345
9.4.2依赖于环境的性状348
9.4.3种子性状和品质性状350
9.5标记辅助的基因渐渗
352
9.5.1从野生近缘种的标记辅助基因渐渗353
9.5.2从优良种质的标记辅助基因渐渗
355
9.5.3耐旱性的标记辅助渐渗356
9.5.4品质性状的标记辅助基因渐渗
357
9.6标记辅助的基因聚合
358
9.6.1主基因的聚合
359
9.6.2通过标记辅助轮回选择的基因聚合362
9.7标记辅助的杂交种预测
362
9.7.1杂种优势的遗传基础363
9.7.2杂种优势群
366
9.7.3标记辅助的杂交种预测369
9.8机遇和挑战
373
9.8.1分子工具和育种系统373
9.8.2与特定作物相关的问题374
9.8.3数量性状374

9.8.4遗传网络
375
9.8.5发展中国家的标记辅助选择
375
第10章基因型×环境互作
377
10.1多环境试验378
10.1.1试验设计379
10.1.2基本的数据分析和解释
380
10.2环境的刻画382
10.2.1环境的分类383
10.2.2G1S和环境刻画
386
10.2.3选择试验地点389
10.3基因型表现的稳定性390
10.3.1研究GE1的线性一双线性模型
391
10.3.2GGE双标图分析393
10.3.3混合模型395
10.4GE1的分子剖析397
10.4.1环境因素的剖分
398
10.4.2跨环境的QTL作图399
10.4.3结合了GE1的QTL作图401
10.4.4MET和基因型数据的应用
405
10.5GE1的育种405
10.5.1资源有限环境的育种
406
10.5.2对适应性和稳定性的育种407
10.5.3育种计划中GE1的度量
408
10.5.4QE1的MAS
409
10.6展望410
第11章基因的分离和功能分析
412
11.1计算机预测414
11.1.1基于证据的基因预测
415
11.1.2基于同源性的基因预测
415
11.1.3从头开始的基因预测
418
11.1.4通过综合的方法预测基因419
11.1.5根据基因组序列检测蛋白质功能
420
11.2基因分离的比较法421
11.2.1比较法的基因组学基础
421
11.2.2比较分析中涉及的实验程序422
11.2.3主效基因辅助的QTL克隆
424
11.3基于cDNA测序的克隆
426
11.3.1EST的产生426
11.3.2全长cDNA的产生427

11.3.3全长cDNA的测序
428
11.3.4鉴定基因的定向EST筛选
428
11.3.5用于基因发现与注释的全长cDNA
429
11.4定位克隆429
11.4.1定位克隆的理论考虑
429
11.4.2定位克隆的例子
433
11.5通过诱变鉴定基因436
11.5.1突变体群体的产生
437
11.5.2插入诱变438
11.5.3非标签诱变443
11.5.4RNA干扰
446
11.5.5通过诱变分离基因
447
11.6基因分离的其他方法449
11.6.1基因表达分析450
11.6.2使用同源探针451
第12章转基因和遗传修饰植物
453
12.1植物组织培养和遗传转化453
12.1.1植物组织培养453
12.1.2遗传转化453
12.1.3重要植物遗传转化的发展456
12.2遗传转化方法456
12.2.1农杆菌介导的遗传